Het hoofdgebouw (bouwjaar 1725) van het MuseumsQuartier werd oorspronkelijk gebruikt als stalgebouw voor het keizerlijke hof. Na de Eerste Wereldoorlog met de ondergang van de Oostenrijk-Hongaarse dubbelmonarchie verloor het stalgebouw zijn functie. In 1921 kreeg het terrein als bestemming Messepalast, een beurs- en tentoonstellingscomplex. In 1985 was het Messepalast voor het eerst ingeschakeld voor de Wiener Festwochen; spoedig werd het complex hiervan het hoofdadres.
In april 1998 begon de ombouw tot MuseumsQuartier, naar het voorbeeld van het Centre Georges Pompidou in de Franse hoofdstad Parijs. Het nieuwe complex werd drie jaar later in twee fasen (juni en september 2001) voor het publiek geopend. Het oorspronkelijke gebouw, in de stijl der barok, staat te midden van de nieuwe musea, die in de stijl der moderne architectuur zijn gebouwd.
