In 1592 kwamen de eerste kapucijnen in Brugge aan. Guido Gezelle heeft een boekje gepubliceerd, waarin hij de aankomst van de kapucijnen te Brugge heeft beschreven. Ze woonden eerst in bij de pastoor in de Sint-Gillisparochie. Daarna gingen ze in de Clarastraat wonen in een restant van een klooster waar van 1569 tot 1578 Engelse kartuizers hadden gewoond. Het Brugse stadsbestuur schonk op 19 mei 1617 aan de kapucijnen een stuk grond, gelegen op de Groene Vrijdagmarkt, ten Zuiden van ’t Zand.
Op 5 juli 1620 werd de nieuwe kerk geconsacreerd. Het was een eenvoudige kerk zonder veel versiering, een zichtbaar voorbeeld van de armoede van de kapucijnen.
