De villa is gebouwd tussen 1506 en 1510. De architect was de Sienees Baldassare Tommaso Peruzzi. Hij werkte in opdracht van Agostino Chigi, een rijke Sienese bankier en handelaar. Aan het interieur hebben verschillende personen gewerkt, onder wie de schilder Rafaël, Peruzzi zelf en Giovanni Antonio Bazzi. Rafaël schilderde zijn fresco van de nimf Galatea rond 1513. Na de dood van Chigi lag het huis er enige tijd verlaten bij. Het kon dan ook tijdens de Sacco di Roma, de plundering van Rome in 1527, makkelijk leeggeroofd worden. In 1577 kocht kardinaal Alessandro Farnese het huis om met zijn gezin in te wonen. Sindsdien heet het landhuis 'Villa Farnesina'. Later behoorde het toe aan de Bourbons, de heersers van Napels. In 1861 werd de Spaanse ambassadeur in Rome de eigenaar. Nu beheert de Italiaanse staat het huis en biedt het onderdak aan de Accademia dei Lincei, een academie voor de wetenschappen, en het 'Gabinetto dei Disegni e delle Stampe', museum voor tekeningen en schilderijen. De villa is geopend voor bezoekers.
