In de 19e eeuw groeide Den Helder snel. Aanjager van de verstedelijking was de Rijkswerf Willemsoord, in het oosten van de stad. Tussen het oude dorp aan de westkust en de werf in het oosten ontstonden nieuwe woonwijken. Ook kwam hier het station gereed. Het zwaartepunt van Den Helder schoof dus op en de bevolking groeide; het kerkgebouw dat tot dan toe door de hervormde gemeente werd gebruikt, de Westerkerk, lag excentrisch en was ook al snel te klein. Daarnaast wilde Defensie graag een kerkgebouw dichtbij de Rijkswerf hebben.
Uiteindelijk verrees de Nieuwe Kerk pal tegenover de poort van de rijkswerf. Voor de bouw kon worden gerekend op subsidie van het ministerie van Waterstaat. De architect was waterstaatsopzichter H. H. Dansdorp, de toren werd ontworpen door C. van der Ster.
