De collectie omvat onder meer de beroemde Zeeuwse wandtapijten, de historische collectie van het Koninklijk Zeeuwsch Genootschap der Wetenschappen en de collectie hedendaagse kunst van de Provincie Zeeland.
Op 16 januari 2001 werd het museum gesloten ten behoeve van een grootscheepse verbouwing. Politieke, financiële en bouwkundige problemen vertraagden de verbouwing aanzienlijk. Op 5 juni 2007 kon het geheel vernieuwde museum weer voor het publiek worden opengesteld. De officiële heropening werd verricht door commissaris van de Koningin Karla Peijs.
Voor het vernieuwde museum is, onder aanvoering van directeur Valentijn Byvanck, gekozen voor een niet-traditionele, eerder eigenzinnige manier van presenteren. Die is er vooral op gericht het publiek een verrassende kijk te bieden op bijzondere stukken uit de collectie. Om dat te bereiken is mede een beroep gedaan op beeldend kunstenaars en vormgevers. Zo maakten Paul de Nooijer en Menno de Nooijer een groot aantal films die in het museum zijn te zien.
