Aanvankelijk stond in deze omgeving een Romaanse kerk, waarschijnlijk uit de 10e of 11e eeuw.
In de achtste eeuw ontstond het bisdom Terwaan (nu Thérouanne, op de Leie en ten zuiden van Sint-Omaars). Keizer Karel V verwoestte de abdijen van Terwaan omdat de abten te loyaal waren aan de Franse koning. In 1561 werd het bisdom Terwaan ontbonden in drie bisdommen: Boulogne-sur-Mer, Sint-Omaars en Ieper. De kerk van het St.-Maartensklooster (reguliere kanunniken van Sint-Augustinus) werd toen tot kathedraal verheven. Cornelius Jansenius is de bekendste bisschop geweest van het bisdom Ieper.
Het concordaat tussen Napoleon Bonaparte en paus Pius VII van 1801 schafte het bisdom Ieper terug af en vanaf toen behoorden de parochies tot het bisdom Gent. In 1833 werd het bisdom Brugge heropgericht, waar Ieper sindsdien onder valt.
De Sint-Maartenskerk werd tijdens de Eerste Wereldoorlog helemaal vernield en nadien (1922-1930) heropgebouwd
