In Deinze stond in de 9e eeuw een eerste kerkgebouw. Poppo, abt van de abdij van Stavelot en geboren in Deinze, schonk relieken aan de kerk na zijn terugkeer uit het Heilige Land. Deze werden in een muur in de kerk ingemetseld. De huidige kerk werd gebouwd na een brand in de 14e eeuw. Op 13 mei 2011 werd het voordien naamloze plein naast de kerk Sint-Poppoplein gedoopt[1].
Sinds 1936 is de kerk een beschermd monument. Er bevindt zich een grote-tertsbeiaard, met 48 klokken uit 1988 (de eerste grote-tertsbeiaard ter wereld) en een historisch waardevol Van Peteghemorgel uit 1740-1742. Een Aanbidding der Wijzen van Gaspar de Crayer hangt in de linkerzijbeuk.