De Sint-Michielskerk werd in de periode 1607-1611 gebouwd door stadsarchitect Jan Persijn in opdracht van de Jezuïeten, ter vervanging van de 14de-eeuwse Heilige-Geestkapel. Het klooster en het college van de paters reikte tot aan de Kasteelstraat. De diepte bedroeg bijna 100 meter. Het klooster werd in 1773 opgeheven en de gebouwen werden aan particulieren verkocht. Alleen de Sint-Michielskerk bleef bewaard en werd gedurende een korte periode een parochiekerk. Na de terugkeer van de Jezuïeten in 1830 in een deel van de voormalige werd de kerk opnieuw een kloosterkerk bediend door de Jezuïeten. Na het vertrek van de Jezuïetengemeenschap in 1993 werd de kerk toevertrouwd aan de Sint-Michielsbeweging, die er haar hoofdhuis heeft.
De Sint-Michielskerk werd in 1611 ingewijd door de bisschop van Doornik.
In 1720 werd de kerk met een barokgevel en interieur getooid. Deze gevel werd tezamen met het interieur in 1886 gesloopt en vervangen door een neo-gotisch interieur..
Tijdens het bombardement van 21 juli 1944 brandde de kerk uit. Alleen de één zijaltaar bleef bewaard, namelijk het altaar van O.L.V. van Groeninge.
De huidige kerk is een driebeukige basilikale kerk in laat-gotische stijl met een halfrond koor in het noorden en met twee torens.
