De Sint-Pieterskerk is in de periode ca 1180-90 gebouwd als parochiekerk van de wijk Sint-Pieter, buiten de stadsmuren van Sint-Truiden. Sint-Pieter of Zerkingen was een oude, stedelijke woonkern ten zuiden van de binnenstad, waar volgens de traditie het ouderlijk huis van Sint-Trudo zou hebben gestaan en waar de Trudobron en de wijngaarden van de abdij van Sint-Truiden lagen. De pastoor van de Sint-Pieterskerk werd tot aan het eind van het Ancien Régime benoemd door de abten van Sint-Trudo. Een foto uit 1870 toont de zeer vervallen staat van de kerk na vele jaren van verwaarlozing.
In 1874 werd begonnen met de restauratie onder leiding van architect Auguste Van Assche. De restauratie bestond uit een vrijwel volledige herbouw van de kerk, waarbij de oorspronkelijke bouwmaterialen stelselmatig werden vervangen door nieuwe. Vernieuwd werden onder andere de buitenmuren van de zijbeuken, het koor met de dwerggalerij,[1] het portaal en alle ornamenten van zandsteen. De mergelstenen gewelven van de zijbeuken waren wel bewaard en werden op dezelfde manier heropgebouwd. Van het oorspronkelijke romaanse gewelf van de middenbeuk was slechts één travee bewaard; de overige waren in later eeuwen vervangen door baksteen. Bij de restauratie werden alle gewelven gereconstrueerd naar het oorspronkelijke model.
De neoromaanse sacristie is een ontwerp van de restauratie-architect uit de 19e eeuw.
