De Johanneskerk vind je ten noorden van de Isa Bey Camii. Eens je de 7de eeuwse Byzantijnse Poort van de Vervolging bent gepasseerd, kan je de kerk zien. Het bouwwerk dateert uit de zesde eeuw en werd opgericht in opdracht van keizer Justinianus. De kerk werd gebouwd op het graf van de apostel Johannes.
Van de oorspronkelijke kerk is helaas niet meer zo veel bewaard gebleven. Slechts enkele muren en zuilen verwijzen naar de eens zo grote kerk. In de buurt van de Johanneskerk kan je de restanten van een Byzantijnse vesting bezichtigen. Vooral de oude muren zijn bijzonder goed bewaard gebleven.
