De Kapuzinergruft (Kapucijner Grafkelder), ook wel keizerlijke grafkelder genoemd, is de grafkelder waar sinds 1633 de Oostenrijkse Habsburgers worden bijgezet.
De grafkelder bevindt zich in Wenen, aan de Neue Markt. Tot de bouw ervan werd in 1618 opdracht gegeven door keizerin Anna. Zij en haar echtgenoot keizer Matthias werden als eersten in de Kapuzinergruft bijgezet. Als laatste werd in 2011 Otto von Habsburg, zoon van de laatste keizer Karel I van Oostenrijk, bijgezet.
Volgens de Habsburgse traditie, werden lichaam, hart en ingewanden afzonderlijk van elkaar begraven. Voor de laatste keer gebeurde dit overigens in 1878, bij de begrafenis van aartshertog Frans Karel. Traditie is ook dat bij een keizerlijke begrafenis de rouwstoet stil staat voor de dichte deur van de grafkelder. De ceremoniemeester klopt op de deur en hoort de vraag: "Wie verlangt binnen te treden?", waarop hij antwoordt: "Zijne Apostolische Majesteit de Keizer". Er volgt geen reactie, waarna opnieuw op de deur moet worden geklopt. "Wie verlangt binnen te treden?". "Zijne Majesteit de Koning". Als er weer geen reactie volgt wordt nogmaals geklopt. Dezelfde vraag wordt dit keer beantwoord met "Een arme zondaar", waarop de deur wordt geopend.
In de Kapuzinergruft ligt slechts één niet-Habsburger begraven: gravin Karoline Fuchs-Mollard, oorspronkelijk kindermeisje maar later vertrouwelinge van Maria Theresia. Tot 1940 lag hier ook Napoleon II, de enige zoon van Napoleon Bonaparte en Marie Louise van Oostenrijk. Zijn lichaam werd echter in 1940 op bevel van Adolf Hitler overgebracht naar de Dôme des Invalides in Parijs.
