Malmedy ontstond rond de kort voor 650 door Remaclus gestichte abdij en behoorde sinds de 10e eeuw samen met Stavelot tot het abdijvorstendom Stavelot-Malmedy. Het plaatsje lag dichtbij de Germaans-Romaanse taalgrens, maar heeft waarschijnlijk altijd een Romaanstalige meerderheid gehad. Na de Franse annexatie van de Zuidelijke Nederlanden in 1795 behoorde het tot het departement Ourthe. Het Congres van Wenen wees de Oostkantons inclusief Malmedy in 1815 aan Pruisen toe. In dat land behoorde de stad tot het district Malmedy in de Rijnprovincie. Er werden pogingen ondernomen om het plaatsje te verduitsen, onder meer door invoering Duitstalig onderwijs en de plaatsnaamwijziging naar Malmünd (zie verder). Krachtens het Verdrag van Versailles kwam Malmedy in 1919 aan België. Van 1940 tot 1944 heerste Duitsland over Malmedy. Uit die periode stamt een gebeurtenis waardoor Malmedy een plaats in de geschiedenis heeft, het Bloedbad van Malmedy.
Volgens de officiële talentelling in Malmedy zou het aandeel Duitstaligen tussen 1920 en 1947 teruggevallen zijn van 21% tot 9,7%. Bij de vastleggen van de taalgrens in 1961-'63 werd bepaald dat Malmedy tot het Franse taalgebied behoort, maar faciliteiten voor Duitstaligen levert.
Monumenten zijn de voormalige benedictijnenabdij (gesticht ca. 650, opgeheven in 1797) en de abdijkerk (1775-1784), die in 1920 zetel van de bisschop van Eupen-Malmedy werd. Na opheffing van het bisdom in 1925 bleef de kathedrale titel behouden. De kathedraal bewaart de relieken van de Heilige Quirinus.